Pierwsza wzmianka o Wydrzynie pochodzi z 1294 r. Była to wieś duchowna, należąca do kapituły gnieźnieńskiej, do klucza Kamionka nadanego kapitule z dóbr arcybiskupich w 1355 r. We wsi znajdowała się siedziba parafii składającej się z 6-ciu wsi. W 1340 r. sołectwo Wydrzyn otrzymał Mikołaj (Nikolaus Ruchem filio). W 1718 r. na miejscu starego kościoła pobudowano nowy, ale w l852 r. kościół spłonął i parafie przyłączono do Czarnożył.

Na początku XIX w. (dane z 1827 r.) wieś Wydrzyn liczyła 30 domów i 208 mieszkańców, natomiast pod koniec XIX w. W 1895 r. było już 50 domów i 367 mieszkańców. Folwark posiadał 3 domostwa zamieszkiwane przez 31 mieszkańców.

Wydrzyn przez długi okres czasu był gminą, której obszar pod koniec XIX w. miał 1381 mórg i liczył 4238 mieszkańców. Wśród ludności było 12 prawosławnych, 28 protestantów, 44 Żydów i 4150 katolików. W 1948 r. istniała jeszcze Gmina Wydrzyn z siedzibą w Czarnożyłach. W gminie były dwie szkoły początkowe. 10 IX 1953 r. zmieniono nazwę gminy Wydrzyn na gminę Czarnożyły. Pisząc o wsi Wydrzyn należy wspomnieć o Wincentym Baranowskim, człowieku niezwykle zasłużonym dla polskiej wsi. Wincenty Baranowski urodził się w 1877 r. W Wydrzynie, ukończył tutaj szkołę realną, a następnie gimnazjum w Warszawie. Następnie rozpoczął naukę w szkole handlowej w Warszawie, którą przerwał. Wincenty Baranowski sympatyzował z ruchem robotniczym, a potem z ruchem ludowym. W latach 1919 - 1930 był posłem na Sejm. W 1938 roku został wybrany wójtem Wydrzyna, w latach 1945 - 1947 i 1947 - 1956 ponownie został wybrany posłem na Sejm. Od roku 1947 do 1952 był ministrem bez teki w rządzie Józefa Cyrankiewicza. Wincenty Baranowski od 1916 roku należał do PSL "Wyzwolenie", następnie należał do Stronnictwa Ludowego, w którym w latach 1945 - 1949 pełnił funkcję Prezesa. Wincenty Baranowski zmarł w 1957 roku i został pochowany na Cmentarzu Wojskowym w Warszawie.

Do wsi Wydrzyn dojechać można drogami gminnymi nr 117457E (Czarnożyły - Wydrzyn - Majorat - Kolonia Staw), nr 117456E (Wydrzyn - Gromadzice) i nr 117463E (Wydrzyn - Kolonia Wydrzyn). Drogi pokryte są nawierzchnią asfaltową. W 2004 roku zmodernizowano drogę dojazdową - położenie nawierzchni asfaltowej - do Wydrzyna przez Brzezinę. W 2008 roku dokonano remontu drogi nr 117456E, głównej drogi biegnącej przez wieś Wydrzyn. We wsi działa Ochotnicza Straż Pożarna i Ludowy Zespół Sportowy Wydrzyn, który jest zrzeszony w Gminnym Zrzeszeniu LZS Czarnożyły.

W domu ludowo - strażackim mieści się Filia Biblioteki Publicznej w Czarnożyłach. W 2007 roku ze środków finansowych gminy Czarnożyły zakupiony został nowy samochód strażacki Ford Transit za kwotę 93 tysięcy złotych.

W Wydrzynie jest Szkoła Podstawowa i oddział przedszkolny. Szkoła w Wydrzynie jest wyremontowana i zmodernizowana. W 2006 r. dokonano rozbudowy i adaptacji poddasza budynku szkolnego, w którym obecnie mieści się oddział przedszkolny, klasy informatyczne ze sprzętem komputerowym i świetlica.

Wieś Wydrzyn jest całkowicie zwodociągowana, jest dostęp do sieci Internetu i sieci telefonii stacjonarnej. W 2005 roku została wybudowana sieć kanalizacji sanitarnej, która odbiera ścieki komunalne od wszystkich gospodarstw domowych i podmiotów gospodarczych.

W związku z tym, że w miejscowości Wydrzyn jest szeroka infrastruktura i dostęp do drogi krajowej w ostatnim czasie obserwuje się duże zainteresowanie działkami budowlanymi i wzrost budownictwa jednorodzinnego.

Sołectwo w 2009 roku miało 669 mieszkańców. Jest to drugie pod względem ilości osób sołectwo w gminie Czarnożyły.

Prezesem Ochotniczej Straży Pożarnej w Wydrzynie jest Pan Włodzimierz Misiak.

Sołtysem wsi jest Pan Włodzimierz Adamczyk.